首先，川崎病多数是能治好的，但是未经治疗的患儿，大约有20%-30%发生冠状动脉瘤，经过大剂量的丙种球蛋白治疗后，也有15%的患儿发生冠状动脉病变，可能有1%-2%的川崎病患儿可以复发。经过规范化治疗的儿童，确诊之后大约需要治疗5-7天。
当体温恢复正常，化验血结果有所好转，可以出院了。但是，要继续口服药物治疗，需要定期复查血和心脏彩超，病程因病情的轻重，从而长短不一。
第一期为急性发热期，一般病程1-11天。
第二期为亚急性期，一般病程为11-21天，体温下降，症状缓解，出现膜状脱皮及血小板增多，可发生冠状动脉瘤，严重时可以导致心肌梗死、动脉瘤破裂。
第三期为21-60周，为恢复期。如果没有明显的冠状动脉瘤及逐渐恢复，冠状动脉瘤仍然可以持续发展。