腘窝囊肿的治疗方法一般根据腘窝囊肿的体积大小，以及有无影响到膝关节的伸屈活动，或者有无压迫到周围重要的血管神经的情况，而采取保守治疗或者手术治疗的方式。
对于腘窝囊肿较小，并没有较严重的临床症状的患者，可以采取保守治疗措施，具体可以给予局部的温热毛巾热敷理疗，或者涂抹具有活血化瘀作用的中成药物，如红花油或者正骨水等，可以促进局部的血液循环，促进腘窝囊肿的消退。
另外，也可以给予口服非甾体消炎药，如芬必得或者西乐葆胶囊等，通过消除腘窝囊肿处的无菌性炎症，达到缩小腘窝囊肿的目的。而对于窝囊肿体积较大的患者，比如影响到了膝关节的伸屈活动，或者压迫到了周围的重要血管神经，产生较严重的临床症状的患者则需要手术治疗，手术的具体方式为采取膝关节后方的S形切口，完整的暴露腘窝囊肿，彻底切腘国囊肿，以减少腘窝囊肿复发的几率。