结肠炎的治疗，要根据患者的病情而定，给予患者个体化、综合化的治疗。治疗原则上，应该尽早控制患者疾病的症状，促进缓解，维持治疗，防止复发，防止并发症和掌握手术治疗的时机。
一般来说，患者要注意休息，防止过于劳累，提高进食的营养，吃比较容易消化的食物，而且要低脂、低渣饮食。重症患者或者有巨结肠、肠瘘等并发症的患者，要给予全肠外的营养。
药物治疗方面，主要应用氨基水杨酸类药物，给予治疗。同时，可以合并应用糖皮质激素。
另外，如果患者出现大出血，存在穿孔或者即将穿孔的，要给予及时的进行手术处理。如果强化的药物治疗方案，不能完全控制症状，或者患者长期依赖激素和硫唑嘌呤，或者患者有癌变的高危因素，也是手术的指征。