肾囊肿的原因主要与以下因素有关：一、先天发育不良肾囊肿，先天发育不良可以产生多种疾病，对于囊肿性肾病而言，主要可以造成髓质海绵肾、发育不良性多囊肾等。先天发育异常的基因一般没有异常，因此与基因遗传或基因突变有区别。二、基因突变，对于肾囊肿，大多数是通过父母基因遗传的，分为常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传，但也有的多囊肾患者既非父母遗传，也不属于先天发育不良性多囊肾病，而是胚胎形成时的基因突变。三、各种感染，感染可以使机体内环境异常改变，从而产生有利于肾囊肿基因发生变化的环境条件，使囊肿的内部因素活性增强，促使囊肿生成、长大。四、毒素，毒素作用于人体，可以使各种细胞、组织器官造成一定的损伤，从而引发疾病的产生，甚至严重时可以危及生命。