肝内胆管结石相对于肝外胆管结石处理起来更为复杂，手术难度也更高。肝内胆管结石有时为静止性结石，没有临床症状。但有时可以造成反复发作的胆管炎，不仅可以引起结石处的胆管狭窄，还可以造成远处的胆管扩张。其继续发展还可以造成所属肝脏的萎缩，甚至还可以引起胆管细胞型肝癌。这是非常严重的后果。因为其不仅严重影响生活质量，而且对于生存期也会造成明显的影响，5年生存率不足30%。