引起肛瘘的最常见原因：一、由于肛周脓肿长期不愈合破溃，或者肛周脓肿切开引流治疗过程中方法不当，出现引流不彻底的情况，造成肛窦肛腺的继发感染，这种情形下，易形成瘘管，导致肛瘘的发生；二、当人体受到结核菌的感染或者放线菌的侵害，克隆氏病的发生，长期不愈会导致复杂性肛瘘的产生；三、当肛门静脉回流不通畅，会导致肛周局部供血不足，进而造成肛区营养不良，最终导致受损的创面无法愈合，也会形成肛瘘；四、当直肠内压力升高，粪便侵害到肛窦和肛肛腺，造成肛门腺的感染，会诱发形成肛瘘。