胆管癌的病因尚不清楚，可能与以下的因素有关系：第一、就是胆管的结石，大约1/3的胆管癌的患者可能合并有胆管的结石，有5%-10%的胆管患者将会发生胆管癌，说明胆管长时间受结石的刺激，上皮发生增生性的改变；第二、就是华支睾吸虫，在东南亚地区吃生鱼的比较多，吃生鱼就比较容易感染肝血吸虫，从而导致胆道的感染，胆汁的淤积，以及胆管周围纤维化和胆管的增生；第三、就是胆管的囊性扩张，少数的胆管囊性扩张症的患者发生癌变，囊肿内结石形成细菌感染，特别是由于汇合部发育异常，导致胰液反流；第四、可能原发性的硬化性胆管炎，原发性的硬化性胆管炎是胆管癌的癌前病变，有很多的原因会导致胆管癌的发生。