新生儿眼睛肿可能是由于分娩时在阴道内接触到阴道内分泌物，或者阴道内的细菌导致感染，建议及时去医院进行杀菌治疗;第二种，可能是由于出生后使用的用品不干净导致的过敏，这种情况先及时告诉医生，确定不会引起其他感染后，充分清洁新生儿使用的用品，很快就会恢复;第三种，可能是由于孕妇在怀孕期间体内存有炎症，通过血液循环传递给婴儿造成的，孕妇可以服用消炎的药物，然后用母乳治疗新生儿。