多发性硬化是中枢神经系统脱髓鞘性疾病，因此它的病灶主要是在中枢神经系统，也就是大脑和脊髓，此外视神经也常常受累。在大脑，患者的病灶往往在脑室周围、皮层下进皮层的部位，另外小脑脑干也常常受累。在脊髓的病灶，患者往往侵犯脊髓是最常见的，此外胸髓也是比较常见的，这种病灶在脊髓病灶往往比较短，小于两个椎体的长度。除此之外，视神经也是多发性硬化常侵犯的一个部位。