治疗小儿肠炎最重要的就是补充水和电解质，通常患者只需要卧床休息，并饮用足量的水分，如口服补液盐就可以，哺乳期的婴儿应该继续哺乳，对于碳酸性饮料、茶、运动饮品，并不适用于补液，如果腹泻持续时间较长或者有严重的脱水，要进行静脉补液。由于抗生素可能会引起腹泻或者促进耐药菌的生长，即使肠炎的致病菌已经明确，抗生素通常也是不建议使用的。