儿童鼻窦炎的治疗，首先要完善鼻内镜检查，主要是为了排除是否合并有鼻息肉。如果是单纯的鼻窦炎可以选择药物治疗，以抗菌素、黏液促排剂、短期鼻腔血管收缩剂为主。抗菌素可以应用罗红霉素或头孢呋辛酯，配合短期的鼻腔血管收缩剂，能够促进鼻腔空间的扩大，促进鼻窦的通气引流，药物治疗的时间一般在一个月左右。
经过药物治疗效果欠佳或者合并有巨大鼻息肉，选择手术治疗是最佳的方案，一般都会是在球囊扩张术下进行，属于微创的治疗方法。同时要检查是否存在腺样体肥大，因为这类疾病会导致鼻腔空间狭窄，影响鼻窦的通气引流，是儿童鼻窦炎引起的最主要因素。