疱疹性咽峡炎通常表现为发热、咽喉肿痛，其中咽喉痛得厉害时可以影响到吞咽。小的宝宝可表现为哭闹、流口水、拒食、不吃饭；大点的宝宝就会说喉咙很痛，压舌板压到舌头可以看到咽部有充血，咽峡部可以看到灰白色的疱疹，疱疹四周还有很多的红晕，有的时候溃破之后会形成黄色的溃疡。
发热也比较严重，可以突然发起，一般为低热、中度发热，严重的可以高达40℃以上，甚至可以出现惊厥，有的时候也会出现头痛、肚子痛，厉害的还会有呕吐、肌肉酸痛、疲乏、无力。