胸腺瘤的分型和能否完全手术切除胸腺瘤，是胸腺瘤患者预后的独立危险因素。其中能否完全手术切除是胸腺瘤患者最重要的预后因素。对于1期、2期患者，死于胸腺瘤本身的只占很小的比率。1期、2期、3期、4期的患者，10年无瘤生存率，分别可达94%、88%、56%和33%。对于复发的胸腺瘤患者，手术是最重要的治疗手段。复发后完全切除的患者，5年生存率达到72%，不完全切除的患者只有0-25%。