神经系统疾病治疗应当取决于病因学的治疗，可以分为需要抗生素治疗的炎症性疾病，如颅内细菌性的感染或者病毒性感染，则需要应用抗病毒的治疗。此外，由颅内脑血管疾病引起的疾病，应当明确是否是动脉硬化引起的脑血管病，如果出现这样的情况，应当予以抗动脉硬化治疗，必要的时候予以神经介入治疗。
如果是某些人出现自身免疫性的疾病，而引起神经系统的疾病，如重症肌无力，则需要进行激素免疫抑制治疗。如果神经系统的疾病是由于肿瘤引起，则需要针对肿瘤进行治疗。此外神经系统的疾病还可以改善脑部代谢，以及促进微循环等药物来辅助治疗，维生素B族也可以起到营养神经对症治疗的作用。