治疗接合菌病主要是消除诱因，选择局部或全身应用抗真菌药物，根据病人的临床分类，决定疗程长短，一般为短期持续治疗。接合菌病病由于发病凶险，病死率很高。两性霉素B及外科清创术，对并发疾病的治疗，纠正电解质紊乱，纠正酸中毒等有疗效。
一、一般治疗
1、去除诱因：了解存在的诱因并及时消除，如停服广谱抗生素、雌激素等。合并糖尿病时要同时予以治疗。
2、控制潜在疾病：如有糖尿病，应同时治疗，纠正糖尿病患者的酸中毒及脱水，但在应用激素的免疫抑制患者、白血病或慢性肾病、免疫及代谢障碍的患者常不易治疗。
二、药物治疗
治疗接合菌病一般使用抗真菌药物：
1、两性霉素B：两性霉素B是由结节链霉提取所得，对本病疗效佳，静脉滴注效果最好。有主张局部灌洗疗法以及眼和鼻部包敷疗法。对鼻脑毛霉病所用的疗程不明确，应视患者临床疗效及感染清除情况而定。但应持续数周至数月或更长，过早停药可能会复发。
2、氟胞嘧啶：有报道氟胞嘧啶与利福平或四环素类或与两性霉素B有协同作用，因此有人建议用氟胞嘧啶再加低剂量两性霉素B治疗，以减少两性霉素B的毒性。
3、两性霉素B脂质体：可降低毒性，并增加两性霉素B的防治效果。
4、泊沙康唑：泊沙康唑已被认为是毛霉菌病的二线治疗，用于对两性霉素无效或不耐受的患者。口服制剂的优点是可以延长患者出院时间并减少复发。对于患有难治性疾病或对两性霉素B不耐受的患者或需要长期治疗的患者，建议将泊沙康唑作为二线治疗。
三、手术治疗
手术切除或清创术：对于局部皮肤的毛霉病，可使用局部手术切除的方式根除病灶，尽量清除坏死组织。使两性霉素B容易到达病灶，有鼻旁窦炎时亦应清洗引流，如有视网膜动脉栓塞、眼炎或眼球波及时应摘除眼球。