过敏性咽炎的病因是感染因素、遗传因素。
1、感染因素：病毒感染造成气道组织损伤，使迷走神经纤维暴露，胆碱能神经纤维致敏，一旦受刺激可引起支气管平滑肌反射性增强，引起局部小气管收缩。此收缩刺激末梢咳嗽感受器，直接引起咳嗽反射，可没有喘息症状和体征，成为以咳嗽为主要表现的变异性哮喘。
2、遗传因素：本病可能有遗传因素参入，一般多为后天获得性。研究证实过敏性鼻炎患者用乙酰胆碱或组织胺作激发试验时约半数气道反应高于正常人，认为抗原抗体反应所引起的支气管迟发性过敏性炎症，是导致本病气道非特异性反应增高主要原因。