治疗系统性红斑狼疮主要的药物是激素和免疫抑制剂，激素比较常用的是强的松和甲强龙，一般先用甲强龙0.5g冲击三天，再用足量的强的松治疗，一个月以后再逐渐减量，在四到六个月的时间里减量到10mg/d。比较常用的免疫抑制剂是环磷酰胺，每月应用一次，应用六个月。六个月以后评价治疗效果，如果病情改善，可以改用霉酚酸酯联合小剂量激素来维持治疗，至少维持三年。三年之后如果病情稳定，可以考虑停用激素。如果六个月后病情无明显的改善，可以考虑应用环孢素或者他克莫司等治疗。除了应用上述核心药物治疗以外，贝那普利、缬沙坦、阿托伐他汀、碳酸钙、羟氯喹等药物在治疗狼疮中也经常应用。