肝内胆管结石的手术指征包括:肝内胆管结石引起反复发作胆管炎；引起病变胆管狭窄，远处胆管扩张；引起相应肝组织萎缩，纤维化；不排除结石所造成的癌变；肝内胆管结石下行造成继发性胆总管结石等。临床上还需要根据结石的大小、部位、数目，是否引起肝脏萎缩，胆管狭窄等相关情况，采取不同的手术方式。原则上应当取净结石、解除狭窄、通畅引流、控制感染。