肝内胆管结石的病人，如果并发胆管狭窄，出现继发的梗阻、化脓以及感染，严重的出现肝脓肿或者感染侵破邻近的血管，出现胆管血管瘘，这种情况下是进行手术治疗的指征。肝内胆管结石的手术创伤比较大，术中需要切开胆总管，并且向上进行探查，必要时也可以切开胆管的Y形分支，也可以在胆道镜辅助下进行取石，手术目的是取净结石，解除胆道系统的狭窄。在手术以后还要系统的抗感染治疗，因为长时间的结石梗阻会出现肝功能的异常，严重的情况下还会诱发急性肝功能衰竭，是有一定危险性的。