肛瘘的治疗主要以手术治疗为主，也要根据肛瘘的严重程度以及发病时间长短，综合分析选择治疗方法。常用的治疗方法有堵塞法和手术治疗，堵塞法主要用于症状比较轻的单纯性肛瘘患者，但这个方法治愈率比较低。
手术治疗是治愈率比较高的方法，一般采用的手术方式有：1、瘘管切开术；2、挂线疗法；3、肛瘘切除术。
具体选择手术方式要结合瘘管内口的位置，尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免瘘的复发，术后保持大便通畅，注意肛门卫生，预防感染。