对于一般的新生儿肺炎，在治疗有效和彻底的基础上是不会留下一些后遗症的，但是对于一些顽固的肺炎或者是毒力特别强的，可能会给宝宝带来一系列的并发症，如气胸、脓肿、肺纤维化等，严重的特别是对一些早产来说，它可能会造成晚期的支气管、肺发育不良，甚至在新生儿之后会导致一些咳嗽、变异性哮喘、喘息发作等，直到胎儿纠正到5岁的才能慢慢缓解。在治疗方面，对一些有并发症的肺炎，也是采取特异性的治疗，如气胸，需要进行胸腔穿刺排除气道的梗阻，对于慢性支气管、肺发育不良的宝宝来说，需要一个疗程的激素治疗，对于有并发哮喘的新生儿肺炎来说，需要长期的做哮喘阶段性的跟进的治疗。