肛周脓肿的病人如果特别疼，在急性期可以应用止痛的药物，包括口服或者肌肉注射。因为肛周脓肿属于感染性的疾病，有明显的脓腔，并且多数是位于齿状线的下方，是体神经支配的区域，并且对痛觉特别敏感。脓腔的张力逐渐增高越来越大，病人的疼痛症状也会更加明显。最有效的治疗办法是进行手术切开引流，减轻了脓腔的张力，病人的疼痛也能够逐渐减轻。在手术以后如果还有疼痛，或者换药时候出现疼痛，也可以肌肉注射止痛的药物，或者每次换药先进行清洗，然后在创面喷洒利多卡因或者利多卡因胶浆，都能够在一定程度上缓解肛周脓肿所导致的疼痛症状。