临床上引起精子畸形的原因有很多，精子的形成主要是在睾丸内形成，并且受到体内内分泌激素的调控，当体内的雄性激素水平降低时，容易引起精子活力下降，精子产生畸形。另外如果造成精索静脉曲张引起的睾丸淤血，使得睾丸缺血，缺氧也会引起精子畸形增高。泌尿生殖道的感染，也是引起精子畸形的常见原因。先天性的隐睾，由于睾丸的环境发生变化，也是造成精子畸形的原因。