骶管囊肿手术的后遗症，要根据具体的情况进行具体对待。如果手术非常顺利，没有并发症的发生，则没有后遗症。但是确实每个人体质都不同，有可能在手术的过程当中残留东西，或者是形成不良影响，会形成一些后遗症：1、最常见的是骶尾部的疼痛，因为毕竟要进行切开，这种切开组织在后期可能会遗留疼痛的情况。2、大小便的失禁。有的时候并不是完全的失禁，而是对于控制力下降，这个则决定有轻有重，有的只是表现夜间尿床的现象，而有的也可能会表现出全部大小便失禁，要看当时具体的病情。3、在手术时如果损伤一定的神经，则可能会引起会阴部感觉麻木，但是麻木的范围根据损伤神经的不同，从而引起不同的临床症状。