对于颅内脊索瘤在核磁上的表现，在T1加权像上，一般会显示为等或者是低信号区，而在于斜坡的骨髓腔脂肪一般会呈高信号区。在T2加权像上会表现为中度乃至明显的高信号。在对颅内脊索瘤作出诊断的时候，主要依据的是头颅MRI检查的表现，另外还要根据患者是否有长期头痛，头昏等临床症状，并且伴有多组颅神经功能损害来做出进一步的诊断。