肥厚性心肌病一经发现，即应积极治疗，特别是肥厚性梗阻性心肌病，更应该积极治疗。肥厚性梗阻性心肌病治疗的目的在于：改善症状，减少并发症，预防猝死。主要的方法有药物治疗和非药物治疗。药物治疗的最主要方法有：一、应用Beta阻滞剂心得安或倍他乐克等，减轻左心室流出道梗阻。二、患者出现心力衰竭时，可给予强心，利尿药地高辛、螺内酯罗等治疗心力衰竭。三、部分出现房颤的患者需要应用倍他受体阻断剂酒石酸美托洛尔以及华法林钠进行抗凝治疗，可以控制心室率减少，血栓形成等并发症。非手术治疗的主要目的有手术治疗和室间隔消融治疗。对于药物效果差，心功能衰竭的肥厚性梗阻性心肌病患者切除室间隔，解除梗阻效果较好。对于不适合室间隔切除手术的肥厚型梗阻性心肌病患者可以行室间隔消融术；对于药物效果差又不适合室间隔消融的患者的应用起搏器植入治疗，可以减少猝死的发生。