房间隔缺损早期多数患儿症状不明显，仅表现为生长慢及反复呼吸道感染。至青春期后，由于病情发展，患者出现肺动脉高压，右心负荷进一步加重，症状逐渐明显。表现为易疲劳、活动后心慌气短、咳嗽，活动量明显受限。而到晚期，甚至可出现活动后昏厥、发绀、咯血等症状。典型的患者，查体时在胸骨左缘第2~3肋间可闻及收缩期喷射性杂音，伴肺动脉瓣区第二心音固定分裂或亢进。晚期患者可出现发绀、杵状指（趾）、水肿、肝大等心力衰竭体征。