肥厚型心肌病的患者预期寿命差别很大，与是否有流出道梗阻，是否进行及时治疗，以及患者对治疗的反应是否较好等许多因素有关。如果不及时治疗，部分梗阻性肥厚型心肌病的患者，可能会发生青少年猝死。经过治疗的梗阻性肥厚型心肌病的患者，可以活到中年甚至中年以上。对治疗反应非常好的非梗阻性患者，寿命可能接近正常人。未经治疗的未合并梗阻的患者，寿命也可能达到中年以上。另外，还有小部分症状非常轻微的患者，寿命接近于正常人。