肥厚型心肌病的治疗包括药物治疗和非药物治疗。药物治疗是基础，可以减轻左心室流出道梗阻的症状，减少并发症，减少心力衰竭的发生。当疾病进展出现心功能不全，药物治疗效果比较差时，如果患者合并比较重的左心室流出道梗阻，这时就要行室间隔切除术。这种手术可以疏通左心室流出道，减轻流出道的梗阻。室间隔切除术由于患者的病情轻重不同、患者合并症不同、患者的心肺功能不同、各种脏器的功能不同、手术是否顺利不同、患者住监护室的时间不同、手术后恢复是否顺利不同，患者所花的费用也不相同。如果各个方面比较顺利，整体的费用在5-10万元之间。