两周岁房间隔缺损3mm，一般情况下不需要治疗。房间隔缺损属于先天性心脏病，一般情况下两周岁以后，小的房间隔缺损应该自愈。
但是两周岁以后，房间隔缺损仍然存在，直径只有3mm，可以动态观察。3mm的房间隔缺损，一般情况下不会引起血流动力学的障碍，对孩子的影响不大，需要动态复查心脏彩超。
如果房间隔缺损进行性扩大，大于5mm，或者出现了血流动力学的障碍，而且患者出现了活动性的胸闷、气短、口唇紫绀的症状，或者心脏彩超发现了心脏结构的改变，右心房增大，建议行房间隔缺损封堵术，或者行外科房间隔缺损修补术。