第二肝门的位置在肝脏上部后方近膈顶的位置，主要由肝左、肝中、肝右静脉汇合而成。
第二肝门解剖非常重要，在肝脏手术当中需要行全肝阻断，则要解剖第二肝门予以阻断，防止出现大出血。
第二肝门解剖相对比较困难，肝静脉壁薄，第二肝门位置深，均可以造成解剖困难。
第二肝门在此位置有助于肝静脉的回流，位置深在防止人体造成第二肝门出现损伤，这是一种人体的保护机制。