感染性心内膜炎的炎症主要是发生在心脏的内膜，它主要可以有病毒感染或者有细菌感染，但以细菌感染多见，也可以出现混合性的感染。而病毒性心肌炎的炎症主要是发生在心肌，有的时候可以累及整个心脏，包括内膜、心肌以及外膜。病毒性心肌炎主要是由病毒引起来的，主要是由嗜心肌病毒，像柯萨奇A病毒、柯萨奇B病毒等等病毒引起来的。而感染性心内膜炎多数是由细菌引起来的，这是它们的区别。病毒性心肌炎一般可以自愈，而感染性心内膜炎也是可以自愈的，但是有些它会形成心内膜的赘生物，从而导致脑梗或者外周血管的栓塞。而病毒性心肌炎后期会导致心脏的扩大，形成扩张型心肌病。这是它们的区别。