对于小儿肺炎链球菌感染引起的肺炎，首选青霉素剂，用药途径以及剂量根据病情轻重、有没有并发症进行决定。有些时候不适用青霉素，因为目前肺炎链球菌的常用抗生素耐药已经变成全球性的问题。
1992-2001这些年间，青霉素耐药肺炎链球菌在美国从5.6%上升到20.4%，在我国情况也是非常严重的，青霉素耐药肺炎链球菌已达86%，程度是非常可怕的。因此，如果细菌药物敏感试验发现青霉素耐药，一般不会使用青霉素，而是根据药敏试验选择合适的抗生素。
在病情可能迅速加重时，医生也会在没有细菌培养结果，没有药敏试验的情况下，为了尽快控制病情，使用耐药较低的其他抗菌素，可以避免在等待细菌培养结果中，因为病情变化而危及患儿的生命。