脑动脉炎的治疗方法，一般采用糖皮质激素和环磷酰胺的联合治疗。如果治疗无效，一般提示在使用其他免疫抑制剂时，应进一步检查该病是否确诊。对于无法耐受环磷酰胺的病人，可以使用利妥昔单抗。
非典型的或者疑似脑动脉炎的病人，应该根据神经系统受累的范围和严重程度进行个体化治疗，这类病人初始应该采用大剂量的糖皮质激素，然后缓慢减量。至于是否在治疗方案中加入环磷酰胺，则应根据神经系统的功能障碍、严重程度、范围，对每个人进行个体化的治疗方案选择。