初期的灰指甲可以使用抗真菌药物进行治疗，灰指甲医学上叫做甲癣或者甲真菌病，是由皮肤癣菌等致病真菌感染甲板以及甲下的组织所形成的病变。真菌侵犯甲板，可以从远端、侧缘或者指甲根部侵入。早期的时候通常病变不很严重，可以考虑使用外用的抗真菌药物进行治疗，常用的包括阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺乳膏等等，这些使用比较方便，而且具有较好的渗透性，能够杀灭甲板当中的皮肤癣菌，所以对灰指甲的效果还是不错的。
如果是灰指甲感染靠近指甲的根部，或者灰指甲的数量比较多，还可以配合口服抗真菌药物，比如伊曲康唑、特比萘芬，它们可以通过系统性吸收，然后到达指甲部位，杀灭局部的皮肤真菌。另外，还要注意局部的清洁卫生，手部保持清洁、干爽，不要长期在水中浸泡，这样都有利于灰指甲的恢复、痊愈。