子宫内膜异位症的治疗方案因病情的轻重、患者的年龄和生育情况而有所不同。药物治疗主要原理是对抗和抑制卵巢的周期性激素刺激，最初是用睾丸酮类的雄性激素，但因副作用较大，而且效率不够强，已逐渐摒弃不用，后来逐渐发展成为假孕疗法和假绝经疗法。假孕疗法是以孕激素类药物更大的剂量，不间断的长期服用，使得月经停止来潮，子宫内膜及异位的子宫内膜在药物作用下发生类似妊娠的反应，所以叫做假孕疗法。这种疗法至少要持续六个月才能使得异位的子宫内膜停止活动，最后发生萎缩。第二类常用方法是假绝经疗法，目前广泛使用促性腺激素释放激素激动剂、GnRH-a，它主要是能非常强烈的抑制卵巢功能，使其几乎完全失去作用，从而达到治疗的目的，而且由于这种药物是一种长效缓释剂，只需要每个月皮下注射一次，非常方便，这类药物能使子宫内膜产生类似绝经妇女的内膜萎缩现象，所以称作假绝经疗法。中医认为，子宫内膜异位症主要由瘀血引起，因此常在非经期给予化瘀消症的治疗，而在月经期调经止痛、对症治疗，根据每个人的兼症不同而随症加减。