无论是急性鼻窦炎，还是慢性鼻窦炎，都可以使用头孢类的抗菌素，由于大多数是由细菌感染引起来的，这类抗生素的效果良好，并且是以第二代头孢效果最佳，比如头孢呋辛。
对于急性鼻窦炎使用抗生素，主要是控制感染，促进炎症的消退，能够有利于鼻腔鼻窦的通气引流，同时需要使用粘液促排剂以及短期的鼻腔血管收缩剂，可以辅助生理盐水冲洗鼻腔，一定要彻底的治疗，非常容易因为不彻底治疗后发生慢性鼻窦炎。
慢性鼻窦炎使用抗生素主要是在手术前，可以消除局部的炎症反应，减少术中的出血，有利于手术更加的彻底，手术后也可以适当服用，主要是消除鼻腔黏膜的肿胀，减轻鼻塞的症状。