结膜炎的药物治疗需要持续多长时间，要看疾病的严重程度以及恢复的过程。不同类型的结膜炎恢复的时间不同，比如常见的红眼病，也叫急性细菌性结膜炎，病程一般在三周左右，所以用药的时间一般需要三周；如果是病毒性的结膜炎，由于这种疾病复发的几率很高，大约有1/3的病人即便治愈以后也会出现复发的情况，所以用药的时间相对要长一些，等到疾病完全恢复正常以后，继续局部用药一周左右。如果是复发性的病毒性结膜炎，也可以长期口服抗病毒的药物，比如阿昔洛韦片，时间要持续一年以上，这样可以有效的减轻疾病复发的几率。所以，如果眼睛存在结膜炎，一定要到正规的医院进行检查，遵医嘱规律用药，定期复查，直到疾病完全恢复以后，再停止药物的使用。