巧克力囊肿在做B超检查的时候，B超会发现附件区有囊肿，并且在囊内可见到星点状的回声，这种情况B超就可以怀疑是巧克力囊肿。但是对于巧克力囊肿的诊断，在临床上一定要结合病人的病史来综合性的分析，最后才能做出初步诊断。
临床上如果要确诊，除非是做手术之后将囊肿送病理化验，临床上病理诊断才是最后的结果。巧克力囊肿在临床上绝大部分病人都会有痛经史，并且在临床上往往有40%-50%左右的病人会导致不孕不育，所以对于巧克力囊肿诊断在临床上要结合病史。