短暂性脑缺血发作的治疗，主要采用药物治疗。部分患者由于血管存在明显狭窄，可能还要采用手术治疗或者血管介入治疗。对于存在短暂性脑缺血发作的患者，应该服用抗血小板药，常用的有阿司匹林或者氯吡格雷。如果患者是高危的短暂性脑缺血发作，要同时服用阿司匹林和氯吡格雷21天，之后改成一种抗血小板药。同时，要服用抗动脉粥样硬化药物，常用的是他汀类药物，如阿托伐他汀或者瑞舒伐他汀。
如果患者存在明显的高血压，还要使用降压药物治疗。如果患者颅内或者颅外血管存在高度狭窄，如狭窄在70%以上，适当的患者也可以采用颈内动脉内膜剥脱术，或者血管介入的治疗。