肛门的检查包括视诊、指诊和肛门镜检查三种。视诊是肛门局部检查的第一步，对表现于外的肛肠疾患，可通过观察其形态、位置、性状、颜色、分泌物等协助诊断。对于视诊观察不到的情况需要做指诊。肛门指诊可以发现肛周皮肤包块、索状物、肿块有无红肿压痛、疼痛的性质等。肛门镜检查主要应用于肛管和直肠下段病变的检查。也可通过肛门镜进行部分治疗。