脑干出血5ml在临床上属于中等量的出血。一旦发生脑干出血，其治疗主要包括以下几个方面：1、首先必须将患者收治神经外科重症监护室，床头常规抬高30度。如果伴发意识障碍，需要常规进行气管插管并呼吸机辅助通气，予以降压处理。在治疗期间需要动态复查头部CT，同时需要积极预防相关并发症的发生，比如肺部感染、尿路感染、下肢深静脉血栓等。2、在治疗期间一定要加强营养支持，因为脑干出血5ml对营养的需求相对比较高，营养目标需要按照30kal/kg体重标准供给。待患者病情稳定之后，建议积极康复治疗，比如高压氧、中医、针灸、理疗等手段。经过积极的康复治疗，患者有可能恢复到生活能够自理。