扁桃体结石的形成与扁桃体上隐窝特殊的生理结构有关系，这个位置比较隐秘，长期阻塞致使分泌物引流受限，最终导致结石的发生。极少数的扁桃体结石会自行脱落，大多数患者还是需要通过外来器械来摘除结石。如果照镜子张嘴就可以看到扁桃体结石，自己可以使用镊子夹取出来。
也可以去医院耳鼻喉科，用压舌板压于舌前2/3与舌后1/3交界处，充分暴露咽部，用刮匙直接取出。除此之外，扁桃体结石可以激光去除，也可以手术治疗。对于反复发作的结石，可以选择手术切除扁桃体来进行根治，防止复发。