肾病综合症的并发症主要是蛋白质营养不良，急性肾功能衰竭，血栓和栓塞，感染等相关问题。蛋白质营养不良主要见于大量蛋白尿的患者；急性肾功能衰竭，主要是微小病变性肾小球肾炎患者可以出现，可能与血容量不足，过度利尿，间质水肿等相关因素有关系；肾病综合征患者动脉和静脉的血栓和栓塞发生率，与血浆蛋白水平的降低呈负相关，尤其是深静脉和肾静脉血栓形成，这些血栓可以是单侧也可以是双侧，逐渐与下腔静脉腔迁延，通常起病比较隐匿；肾病综合征的患者感染容易发生，特别是在免疫抑制剂使用治疗的过程中，而且常常是病情缓解之后复发的主要因素。