如果肠胃炎头痛很厉害，考虑有可能和胃肠炎之后所引起的发热有一定的关系。建议完善体温的检查，如果体温超过38℃，需要应用解热镇痛的药物来进行控制症状，在胃肠道感染的前提下，需要完善血常规的检查来明确是否有细菌或者病毒性的感染。如果头痛同时合并有血象偏高，建议及时的应用抗感染的药物，比如头孢类、喹诺酮类的药物来进行治疗，可以选择头孢克肟、左氧氟沙星、诺氟沙星等消炎的药物。如果疼痛非常的严重，适当的应用口服的解热镇痛药物，比如布洛芬或者散列通片来进行治疗，同时可以口服调整胃肠道的药物，比如美常安或者奥美拉唑，也能起到很好的效果。