肝囊肿多数是在体检做腹部超声时候发现的，病人多数没有肝炎病史，也没有肝硬化的表现，一般不影响肝功能，肿瘤标志物也是正常的。腹部超声是首选的，也是最经济的检查方法，对肝囊肿的诊断率可以达到98%。
在定性方面，超声波的检查就已经很准确了，但是如果要全面了解肝囊肿的大小、数目、位置，特别是那些需要进行手术治疗的巨大的肝囊肿，ct优于B超的检查，ct或者是B超来诊断肝囊肿已经十分可靠了，一般不需要做过多的检查，但是根据病情的需要，少数病人可能需要做核磁或者是腹腔动脉造影等检查来协助诊断。