肝脓肿的主要原因，就是细菌进入到肝脏发生了感染。我们把这些病因常归为两类，一是胆源性的感染，二是血源性的感染，胆源性的途径主要由于胆道蛔虫症、胆道结石等并发化脓炎症时，细菌延着胆管上行，引起细菌性的肝脓肿。血源性的途径应该有两种，一是肝动脉，全身任何部位的化脓性病变，如骨髓炎、中耳炎或者肺炎等等。细菌通过动脉进入肝脏导致感染发生。门静脉系统，如一些化脓性的阑尾炎、痔疮、感染等等，可通过门静脉入血细菌导致肝脓肿的发生。此外还有一些开放性的伤口，如肝脏破裂外伤，细菌进入肝脏可以发生肝脓肿。