脓毒症需要与以下疾病鉴别：
1、急性细菌性心内膜炎：急性细菌性心内膜炎多为严重感染所引起的急性炎症病变，患者除了会出现有类似脓毒症的症状表现以外，大多数患者会出现有典型性脾肿大、心律不齐等现象。另外配合CT、MRI等检测，可以观察到心瓣膜、腱索等组织出现溃疡性损伤现象。
2、心肌环脓肿：心肌环脓肿是一种心肌化脓性感染病症，通过对心脏进行系列医学影像检查，可以观察到心肌组织伴随有化脓性感染迹象，并与脓毒症进行鉴别区别。
3、脑膜炎：在临床表现上，脑膜炎与脓毒症患者具有高度相似度。但是脑炎患者通过CT检查检测，可以观察到颅内高压的情况。脓毒症患者则会出现于较为晚期。