怀孕三个月引产的流程是住院后进行一些常规检查，行血常规检查、肝肾功能检查以及血糖、血脂的检查；彩超检查了解胎儿发育的情况以及胎盘着床位置；行传染病的检查，传染病包括梅毒、丙肝、乙肝、艾滋；行心电图的检查。如果检查没有异常，医生会给予非司酮配伍米索前列醇进行口服引产。
一般在服药的第三天患者会出现阵发性腹痛，因为引产相当于生产，所以疼痛也因人而异。如果服药后阴道排出胎儿及胎盘组织，常规行彩超检查了解是否排干净，如果出血过多要检查软产道以及宫颈口，或者胎盘组织有无残留，如果有残留及时行清宫术，术后七天常规行彩超检查了解子宫的复旧情况。