乳糖不耐受是需要治疗的，乳糖不耐受的治疗主要是为了消除乳糖不耐受引发的消化道症状，避免因为吸收的问题导致营养不良。对于先天性乳糖酶缺乏的患者应该终身禁止使用乳糖及含乳糖的食品，原发性乳糖酶缺乏症的患者最好控制和减少乳糖少量。对于继发性乳糖酶缺乏症的患者主要是要治疗原发疾病。
对于乳糖不耐受急性期的治疗如果出现了严重的腹泻，可以给予相应的补充水、电解质，避免脱水和酸碱失衡。对于哺乳期婴儿有脱水的表现，可暂时用没有乳糖的奶粉喂养，来缓解腹泻的症状，促进胃肠道功能恢复。一般在日常生活中，饮食管理十分重要。
除了先天性乳糖酶缺乏症的患者应终身禁食乳糖和含乳糖的食品外，其他类型的乳糖酶缺乏症患者日常合理控制乳糖的摄入量就可以达到治疗目的，不必完全禁忌膳食乳糖的摄入。药物方面可以给予益生菌口服，多种益生菌与乳糖酶有关，益生菌制剂有利于乳糖酶的恢复以及治疗继发性乳糖酶缺乏症引起的腹泻，此外还可以口服乳糖酶。